Quand l'église devient-elle collégiale? Peut-être dès le XIème. Première mention d'un chanoine à Saint-Merry en 1175. On ne sait pas exactement quand cette fonction collégiale débute.
Elle fut reconstruite en 1420, aggrandie en 1525 et 1575. Voir ID antécédent. 430
L'église était dédiée à Saint Thomas de Canterbury
Hôpital des pauvres de Sainte Opportune ou Ostellerie de Sainte Opportune
A cette époque l'hôpital n'est régi que par des hommes
Verniquet: 37 bb, CNRS: 1380, Truschet et Hoyau: 1552
Agrandie à diverses reprises notamment en 1749 lorsque l'on réunit les paroisses de Saint Gilles Saint Leu, de Saint Christophe et de Sainte Geneviève des Ardents. L'évêque de Paris était son abbé.
Le collège s'appelait Saint Nicolas du Louvre et des Bons Enfants. L'hôpital est supprimé en 1541 par le Cardinal Jean du Bellay qui institua un chapitre de 10 chanoines en 1542
En 1229 Louis IX en fait une abbaye royale. L'abbesse est connue sous le nom de Dame du Faubourg et a de nombreux privilèges.L'église abbatiale est dédiée le 2 juin 1233 par l'évêque Guillaume d'Auvergne et dédiée à la Vierge et St Antoine
On sait finalement très peu de chose sur cette chapelle qui passa rapidement sous le nom de Saint Eustache. Peut être que le bourgeois Jean Alais en est à l'origine, c'est en tous cas ce que rapporte la tradition populaire
En 1260, la chapelle devient une église matrice et paroissiale mais pas de curé propre avant la mort de celui en fonction à Saint Laurent au moment de l'accord.L'église fut reconstruite en 1679.La paroisse comprenait 29 maisons en tout
La chapelle s'appelait ainsi du fait d'une tour qui existait à cet endroit et qui fut démolie au XVIIIème. A l'origine, elle servait de lieu de culte pour les paroissiens trop éloignés de Saint Germain l'Auxerrois