Le collège s'appelait Saint Nicolas du Louvre et des Bons Enfants. L'hôpital est supprimé en 1541 par le Cardinal Jean du Bellay qui institua un chapitre de 10 chanoines en 1542
Au deuxième plan, au centre et au point de fuite de la peinture, sont représentés les philosophes Platon et Aristote. Ceux-ci portent la toge romaine et ont une attitude majestueuse.Platon tient dans sa main l'un de ses dialogues, qui s'appelle le Timée tandis qu'Aristote a son Éthique à la main. Les gestes des deux philosophes - le premier tend sa main vers le ciel tandis que le second désigne la terre - offrent une représentation symbolique de leurs conceptions philosophiques. Raphaël marque ici clairement l'opposition entre la théorie platonicienne (qui explique les origines du monde) et le rationalisme ainsi que l'empirisme prônés par Aristote. Platon est représenté sous les traits de Léonard de Vinci, ce dernier étant venu au Vatican à la recherche d'un travail.
Ptolémée d’Alexandrie, vêtu d’une veste orange sombre et de dos, soutient le globe terrestre (la géographie) tandis que son interlocuteur, Zoroastre soutient une sphère céleste (astronomie).
Pythagore, assis avec un livre, un encrier et un crayon, est en train d’annoter ses impressions sur la figure représentée sur l'ardoise noire à ses pieds. Ce diagramme montre les rapports mathématiques qu’il y a entre l’harmonie de la musique et les lois mathématiques (epogdoon).
