La conjuration des Malcontents
Après le massacre de la Saint-Barthélemy, plusieurs grands féodaux catholiques, favorables à une politique de modération en faveur des Protestants, sont écartés du pouvoir par le gouvernement ou placés sous surveillance. Le roi de Navarre et le prince de Condé, qui ont abjuré la religion protestante sous la contrainte, sont assignés à résidence à la cour. Le propre frère du roi, François d'Alençon, dont le gouvernement craint les ambitions, est maintenu à l'écart. Ce sont les Malcontents.
Durant le courant de l'année 1573, ils dénoncent en secret le caractère absolutiste et partial de la monarchie, prennent contact avec les Protestants et montent plusieurs projets pour faire fuir les princes mis en tutelle.
En février, un premier complot pour la fuite des princes échoue, entraînant un renforcement de leur surveillance. En avril, un second complot, soutenu par Marguerite de Valois, est découvert, conduisant à des arrestations et à l'interrogatoire de François d'Alençon et Henri de Navarre. Marguerite tente de défendre son mari en rédigeant un mémoire.
Ces échecs renforcent la répression royale et exacerbent les tensions religieuses. François d'Alençon, malgré la clémence royale, reste surveillé et nourrira une rancune tenace contre son frère, Charles IX. Henri de Navarre, bien que épargné, demeure un prisonnier de fait à la cour. Les exécutions brutales alimentent un sentiment d’injustice qui se répand parmi les opposants au pouvoir.
Par ailleurs, la santé du roi Charles IX se dégrade rapidement, plongeant la cour dans l'incertitude. La perspective d’une succession prochaine intensifie les ambitions des différents partis. Dès l'automne 1574, François d'Alençon et Henri de Navarre parviennent à s’échapper, rejoignant leurs partisans. François d'Alençon s’allie avec les Malcontents, tandis qu’Henri de Navarre retrouve les chefs protestants. Ce nouvel élan d’opposition aboutit en 1575 au soulèvement des protestants et des nobles mécontents, marquant ainsi le début de la Cinquième guerre de Religion.
Lorsque Alençon et Henri de Navarre s’échappen finalement, Marguerite se retrouve en position délicate : toujours à la cour, elle doit jongler entre son attachement à sa famille catholique et son soutien discret à son mari et son frère, désormais en rébellion contre le pouvoir royal. Son rôle est alors celui d’une médiatrice contrainte. Par fidélité à son frère François d’Anjou, elle joue les intermédiaires entre les différentes factions et facilite les négociations.
Son intelligence et son sens diplomatique sont reconnus, mais son engagement lui attire aussi la méfiance de la cour. Malgré son appartenance à la famille royale, elle est surveillée de près et doit manœuvrer avec habileté pour éviter de tomber en disgrâce.